申请日本签证有严格的领区划分限制，申请人需要根据自己的常住地（工作、学习）来选择不同的使领馆递交申请。护照签发地及户口所在地与常住地不属同一领区时，除了需要提供相关的长期停留的文件（工作证明、在校证明）之外，还需要提供暂住证的原件。

驻华大使馆（北京）管辖领区：北京市、天津市、陕西省、山西省、甘肃省、河南省、河北省、 湖北省、湖南省、青海省、新疆维吾尔自治区、宁夏回族自治区、西藏自治区、内蒙古自治区
上海总领事馆管辖领区：上海市、安徽省、浙江省、江苏省、江西省
广州总领事馆管辖领区：广东省、海南省、福建省、广西壮族自治区
重庆总领事馆管辖领区：辽宁省（除大连市）、吉林省、黑龙江省
沈阳总领事馆管辖领区：重庆市、四川省、贵州省、云南省
大连办事处管辖领区：大连市
青岛总领事馆管辖领区：山东省
香港总领事馆管辖领区：香港特别行政区、澳门特别行政区